Transplantcentrum Institutu klinické a experimentální medicíny je multidisciplinárním pracovištěm, které zajišťuje hned několik transplantačních programů - především ledvin (včetně transplantací ledvin od žijících dárců), jater (jako jediné centrum ČR provádějící transplantace i u nejmenších dětí), a společně s Centrem diabetologie i transplantace slinivky břišní. V roce 2014 zde byla provedena také první multiviscerální transplantace (transplantace pěti orgánů najednou).
V mnoha činnostech dosahuje Transplantcentrum IKEM výjimečných výsledků - a to jak v porovnání v rámci ČR, tak i světa.
Je největším transplantačním centrem v Česku se spádovostí celé republiky.